Ein weiterer Bereich der Stadtentwässerung ist die Behandlung der Abwässer. Auch dieser Bereich gehört zum Aufgabenspektrum der USK.

Die Abwasserbehandlung erfolgt zum einen in den Regenrückhaltebecken und zum anderen  in der Kläranlage Kleve-Salmorth.

In der Kläranlage Kleve-Salmorth wird das Schmutzwasser der Stadt Kleve aufbereitet und anschließend dem Rhein zugeführt.

Das Regenwasser wird dagegen in den Regenrückhaltebecken behandelt und fließt anschließend in die Gewässer ab oder es versickert in speziellen Bodenpassagen.

Eine Ausnahme stellt die Schenkenschanz dar. Dort wird das Regen- und Schmutzwasser in einem Mischsystem zur dortigen Tropfkörperkläranlage geleitet, die die Abwässer mit Hilfe von Lavagesteinbrocken reinigt.